La fondation claustrale est le mode de fondation par lequel une gyne nouvellement fécondée crée sa colonie de manière totalement autonome, sans quitter son abri ni se nourrir à l'extérieur. Elle s'appuie entièrement sur ses réserves graisseuses et sur l'autolyse de ses muscles alaires — les muscles qui lui servaient à voler pendant le vol nuptial — pour produire les premiers œufs et nourrir ses larves.

Ce mode de fondation est le plus répandu chez les fourmis européennes. Il est souvent qualifié de plus sûr pour la gyne, car elle ne s'expose pas à la prédation en sortant pour chasser. En élevage, cela signifie concrètement qu'une gyne en fondation claustrale n'a pas besoin de nourriture : lui en proposer trop tôt peut même la stresser inutilement.

Le tube à essai avec une chambre humide est le dispositif de référence pour accompagner cette phase : sombre, stable en température et en humidité, il reproduit fidèlement les conditions d'une petite cavité naturelle dans laquelle la gyne s'isolerait.